Xia2 - Jayden

Xia2

2024年9月9日90

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AI 生成的摘要

[!注意] 此方法約在一年前撰寫，僅供備忘使用。簡介 Xia2 是一個自動化處理大分子晶體 X 射線衍射數據的專家系統。它是開源的，您可以在此獲取其源代碼。在我的工作流程中，Xia2 比 XDS 更易於使用。然而，Xia2 僅能在命令行介面（CLI）中運行，而 XDS 則有圖形用戶介面（XDSGUI）。使用方法您可以切換到包含影像的資料夾，並運行以下命令： xia2 pipeline=dials . 請注意，Xia2 可以利用多種管道來處理您的數據，例如 dials、dials-aimless、XDS 和 XSCALE。您可以在此找到許多參數。如果您在 SSRF 10U2 收集數據，可能還需要通過添加 goniometer.axes=0,1,0 來更改 goniometer 軸。 xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=1.89 [!注意] 上述鏈接中的參數似乎不完整，我無法找到完整的參數。不過，您可以參考在運行 Xia2 的目錄中的 Phil 格式文件。檢查結果在運行目錄中將生成一個 xia2.html 文件，其中包含摘要。此文由 Mix Space 同步更新至 xLog 原始鏈接為

Note

此方法大約在一年前撰寫，僅供備忘之用。

介紹#

Xia2 是一個自動化減少大分子晶體 X 射線衍射數據的專家系統。它是開源的，您可以在這裡獲取其源代碼。

在我的工作流程中，Xia2 比 XDS 使用起來更簡單。然而，您只能在 CLI 中運行 Xia2，而 XDS 則有 GUI：XDSGUI。

使用方法#

您可以將目錄更改為包含圖像的文件夾，然後運行以下命令：

xia2 pipeline=dials .

請注意，Xia2 可以利用多種管道來處理您的數據，例如 dials、dials-aimless、XDS 和 XSCALE。您可以在這裡找到許多參數。如果您在 SSRF 10U2 中收集數據，您可能還需要通過添加goniometer.axes=0,1,0來更改擺動儀軸。

xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=1.89

[!NOTE]

上述鏈接中的參數似乎不完整，我找不到完整的參數。不過，您可以參考運行 Xia2 的目錄中的 Phil 格式文件。

檢查結果#

在運行目錄中將生成一個 xia2.html 文件，其中包含摘要。

此文由 Mix Space 同步更新至 xLog
原始鏈接為 https://xxu.do/posts/academic/xia2