X射线数据处理

准备数据#

将 h5 格式转换为 cbf 格式：XDS 无法处理 h5 格式的图像，因此您需要在处理之前将图像转换为 cbf 格式。在 macOS 上，eiger2cbf 是一个有用的程序。

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data           -- 获取帧数
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N out.cbf -- 将第 N 帧写入 out.cbf
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N         -- 将第 N 帧写入 STDOUT
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N:M   out -- 将第 N 帧到第 M 帧写入 outNNNNNN.cbf

例如：

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data 1:720 out # 将所有 720 张图像转换为 cbf 格式

X 射线数据处理#

使用 XDS 处理#

XDSGUI

根据此说明安装 XDSGUI。
在终端中运行 XDSGUI。
```
cd path/to/your/images
xdsgui
```
加载图像并生成 XDS.INP 文件：
修改 XDS.INP 文件以满足您的需求，然后点击 Run XDS。

如果您在 SSRF 的 10U2 光束线收集数据，您应该将 ROTATION_AXIS 参数修改为 0 -1 0。
在 CORRECT 页面检查结果。

使用 Xia2 处理#

有两种方法使用 Xia2：在 CCP4 中使用 Xia2，或根据 此网站 安装最新的 xia2/DIALS 套件。

使用它处理您的数据：

cd path/to/images
xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=2

使用 autoPROC 处理#

根据 此网站 请求许可证并安装 autoPROC。

使用它处理您的数据：

cd path/to/images
process -I . -d autoproc -R 50 2 > out.log 
#将结果保存在名为 autoproc 的子目录中，分辨率范围从 2 到 50，将日志保存到 out.log 文件中。

结构确定#

验证数据#

在 autoproc 目录中找到 XDS_ASCII.HKL 文件作为衍射文件。
使用 Phenix Xtriage 验证数据，将衍射文件放入并运行。

分子替换#

在 autoproc 目录中找到 XDS_ASCII.HKL 文件作为衍射文件。
获取模板模型：
1. 使用 PDB 数据库对您的蛋白质序列进行 BLAST，选择合适的结构并下载 PDB 文件。
1. 下载模板模型后，您需要使用 PyMOL 编辑它以去除冗余副本和水分子。
确定 ASU（不对称单元）中有多少个副本：
1. 您可以从 Xtriage 的结果中获取数量。
  
  ::: grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}
  
  :::
2. 或者您可以使用 CCP4 中的单元内容分析工具。
[!NOTE]

您可以通过溶剂含量确定副本数量，通常，大多数生物大分子晶体的溶剂含量在 40% 到 60% 之间。
使用 Phenix Phaser-MR 进行分子替换。

::: grid {cols=4,rows=1,gap=12,type=images}

:::
使用 Phenix AutoBuild 构建您的模型：输入分子替换的结果并运行。
在 Coot 中检查 AutoBuild 的模型并手动精炼。

::: grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}

:::

此文由 Mix Space 同步更新至 xLog
原始链接为 https://xxu.do/posts/academic/X-ray-data-processing