X線データ処理

データの準備#

データの準備

h5 形式を cbf 形式に変換します：XDS は h5 形式の画像を処理できないため、プロセスの前に画像を cbf 形式に変換する必要があります。macOS では、eiger2cbfというプログラムが便利です。

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data           -- フレーム数を取得
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N out.cbf -- N番目のフレームをout.cbfに書き込む
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N         -- N番目のフレームをSTDOUTに書き込む
eiger2cbf path/to/your/h5_master_data N:M   out -- NからM番目のフレームをoutNNNNNN.cbfに書き込む

例：

eiger2cbf path/to/your/h5_master_data 1:720 out # すべての720枚の画像をcbf形式に変換する

X 線データの処理#

XDS で処理する#

XDSGUI

この手順に従って XDSGUI をインストールします。
ターミナルで XDSGUI を実行します。
```
cd path/to/your/images
xdsgui
```
画像をロードし、XDS.INP ファイルを生成します：
XDS.INP ファイルを必要に応じて編集し、Run XDSをクリックします。

SSRF の 10U2 ビームラインでデータを収集した場合、ROTATION_AXISパラメータを0 -1 0に変更する必要があります。
CORRECT ページで結果を確認します。

Xia2 で処理する#

Xia2 を使用する方法は 2 つあります：CCP4 で Xia2 を使用するか、最新の xia2/DIALS バンドルを **このウェブサイト** に従ってインストールします。

以下のコマンドでデータを処理します：

cd path/to/images
xia2 pipeline=dials-aimless ./ goniometer.axes=0.000000,1.000000,0.000000 xia2.settings.resolution.d_min=2

autoPROC で処理する#

ライセンスを申請し、autoPROC を **このウェブサイト** に従ってインストールします。

以下のコマンドでデータを処理します：

cd path/to/images
process -I . -d autoproc -R 50 2 > out.log 
# 結果をautoprocという名前のサブディレクトリに保存し、解像度は2から50まで変化し、ログをout.logファイルに保存します。

構造の決定#

データの検証#

autoproc ディレクトリ内のXDS_ASCII.HKLファイルを回折ファイルとして見つけます。
Phenix Xtriage でデータを検証し、回折ファイルを入力して実行します。

分子置換#

autoproc ディレクトリ内のXDS_ASCII.HKLファイルを回折ファイルとして見つけます。
テンプレートモデルを取得します：
1. タンパク質の配列を PDB データベースで検索し、適切な構造を選択して PDB ファイルをダウンロードします。
1. テンプレートモデルをダウンロードした後、冗長なコピーと水分子を削除するために PyMOL で編集する必要があります。
ASU（非対称単位）にいくつのコピーがあるかを決定します：
1. Xtriage の結果から数を取得できます。
  
  ::: grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}
  
  :::
2. または、CCP4 のセル内容解析ツールを使用することもできます。
[!NOTE]

溶媒含有量を通じてコピーの数を決定できます。一般的に、ほとんどの生物マクロ分子結晶の溶媒含有量は 40％から 60％の間です。
Phenix Phaser-MR を使用して分子置換を行います。

::: grid {cols=4,rows=1,gap=12,type=images}

:::
Phenix AutoBuild を使用してモデルを構築します：分子置換の結果を入力し、実行します。
Coot で AutoBuild のモデルを確認し、手動で精製します。

::: grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}

:::

この文書は Mix Space からの同期更新であり、xLog にも掲載されています。
オリジナルのリンクは https://xxu.do/posts/academic/X-ray-data-processing です。