使用 ChimeraX 繪製晶體結構小分子密度

你需要：

本文以 7VH8 為例，參照這篇文章得到 PDB 和 MTZ 檔案。

打開 ChimeraX 安裝 Clipper，有兩種安裝方式:
1. 圖形介面中，在 Tools -> More Tools... 中找到安裝即可。
2. 執行 toolshed install clipper 命令進行安裝。
打開 PDB 檔案後，將 mtz 檔案拖入，會出現彈窗，選擇對應的 PDB。

打開後應該是這樣的：

展示密度：

僅展示小分子附近的密度：

clipper isolate sel surroundDistance 0 contextDistance 5 maskRadius 2.5 hideSurrounds true focus true

參數	描述
sel	指的是當前選中的原子（即小分子）
surroundDistance	指定擴展選擇的距離，默認為 0 埃。這個參數決定了除了選中的原子外，額外包括哪些原子來計算地圖覆蓋區域。
contextDistance	這個參數設置了額外顯示的上下文區域的距離，默認為 5 埃。這些原子會被顯示但不會被地圖覆蓋。
maskRadius	指定地圖掩碼的半徑，默認為 3 埃。這決定了地圖在選定區域周圍延伸多遠。
hideSurrounds	如果為 true，不在 surroundDistance 範圍內的原子將被隱藏（卡通顯示不受影響）
focus	如果為 true，視圖將重置並居中顯示覆蓋區域

展示小分子附近的密度

調整 Contour Level 並賦予顏色：

需要注意的是：Coot 和 ChimeraX 所採用的 Contour Level 存在差異：

軟體	Contour Level
Coot	默認使用標準差 (sigma) 單位來表示等值線水平 (儘管在軟體中顯示為 rmsd）。當在 Coot 中設置 Contour Level 為 1.0 時，它實際上表示顯示密度值大於或等於平均密度加上 1.0 個標準差的區域。
ChimeraX	通常以絕對電子密度值（electron/Å³）來表示等值線水平。當運行命令 `volume #1 level 1.0` 時，它表示顯示密度值等於或大於 1.0 electron/Å³ 的區域。

因此：

如果希望在 ChimeraX 中以標準差 (standard deviation) 為單位設置等值線水平，可使用 sdLevel，這與 Coot 中的概念相同。
如果希望在 ChimeraX 中表示以均方根偏差 (root-mean-square deviation) 為單位設置等值線水平，可使用 rmsLevel.

volume #1.1.1.2 sdLevel 1.0 color blue

Contour Level

對於 mFo-Fc 差異圖，你可能想要設置正負值：

volume #1.1.1.4 sdLevel 3.0 color green sdLevel -3.0 color red

[!TIP]

如果 ChimeraX 中間有一個指示三軸中心，你可以通過 cofr show false 來關閉它。

網上有很多教你如何對冷凍電鏡密度進行展示和著色的教程，而晶體結構似乎較少，希望對你有幫助。

歡迎留言討論。