ChimeraXを使用して結晶構造小分子密度を描画する

必要なもの：

この記事では、7VH8を例に、この記事を参考にして PDB と MTZ ファイルを取得します。

ChimeraX を開き、Clipper をインストールします。インストール方法は 2 通りあります：
1. グラフィカルインターフェースで、Tools -> More Tools...からインストールを見つけます。
2. toolshed install clipperコマンドを実行してインストールします。
PDB ファイルを開いた後、mtz ファイルをドラッグ＆ドロップすると、ポップアップが表示され、対応する PDB を選択します。

開いた後はこのようになります：

密度を表示します：

小分子の近くの密度のみを表示します：

clipper isolate sel surroundDistance 0 contextDistance 5 maskRadius 2.5 hideSurrounds true focus true

パラメータ	説明
sel	現在選択されている原子（つまり小分子）を指します。
surroundDistance	選択を拡張する距離を指定し、デフォルトは 0 オングストロームです。このパラメータは、選択された原子に加えて、どの原子を地図のカバレッジ領域に含めるかを決定します。
contextDistance	追加のコンテキスト領域を表示する距離を設定し、デフォルトは 5 オングストロームです。これらの原子は表示されますが、地図にはカバーされません。
maskRadius	地図マスクの半径を指定し、デフォルトは 3 オングストロームです。これは、選択された領域の周囲に地図がどれだけ広がるかを決定します。
hideSurrounds	true の場合、surroundDistance 範囲外の原子は非表示になります（カートゥーン表示には影響しません）。
focus	true の場合、ビューはリセットされ、カバレッジ領域が中央に表示されます。

小分子の近くの密度を表示

Contour Level を調整し、色を付けます：

注意が必要なのは、Coot と ChimeraX で使用される Contour Level に違いがあることです：

ソフトウェア	Contour Level
Coot	デフォルトでは、等値線レベルを表すために標準偏差（sigma）単位を使用します（ソフトウェア内では rmsd として表示されます）。 Coot で Contour Level を 1.0 に設定すると、実際には平均密度に 1.0 標準偏差を加えた値以上の密度値を表示する領域を意味します。
ChimeraX	通常、絶対電子密度値（electron/Å³）で等値線レベルを表します。 `volume #1 level 1.0`コマンドを実行すると、1.0 electron/Å³ 以上の密度値を表示する領域を意味します。

したがって：

ChimeraX で標準偏差（standard deviation）単位で等値線レベルを設定したい場合は、sdLevelを使用します。これは Coot での概念と同じです。
ChimeraX で均方根偏差（root-mean-square deviation）単位で等値線レベルを設定したい場合は、rmsLevelを使用します。

volume #1.1.1.2 sdLevel 1.0 color blue

Contour Level

mFo-Fc 差異図については、正負の値を設定したい場合があります：

volume #1.1.1.4 sdLevel 3.0 color green sdLevel -3.0 color red

[!TIP]

ChimeraX の中間に三軸中心を示す指示がある場合、cofr show falseを使用してそれを非表示にできます。

インターネット上には冷凍電子顕微鏡の密度を表示し、着色する方法についての多くのチュートリアルがありますが、結晶構造については少ないようです。あなたの助けになれば幸いです。

コメントでの議論を歓迎します。