Jayden

TL;DR#

1. 找到感興趣的結構，這裡以目前資料庫中分辨率最高（0.48 Å）的結構 5D8V 為例。

2. 下載模型和密度

   1. PDB format 的模型
   2. Validation 2fo-fc coefficients 文件，解壓得到 cif 格式文件
   3. Validation fo-fc coefficients 文件，解壓得到 cif 格式文件
   4. 得到 3 個文件：
      1. 5d8v.pdb
      2. 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif
      3. 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif

3. 轉換格式：

   1. 使用 CCP4 套件中的 cif2mtz

      Copy

      cif2mtz hklin 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif hklout 2fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      
      cif2mtz hklin 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif hklout fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      

   2. 使用獨立 python 包 gemmi

      Copy

      pip3 install gemmi
      
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif 2fo-fc.mtz
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif fo-fc.mtz
      

4. 在 COOT 中加載 PDB 模型和 2fo-fc.mtz 以及 fo-fc.mtz 即可

Reference#

1. X-ray Electron Density Maps

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原始鏈接為 https://xxu.do/posts/structure/Retrieve-structure-from-PDB-and-view-density