Jayden

TL;DR#

1. 興味のある構造を見つけます。ここでは、現在のデータベースで解像度が最も高い（0.48 Å）の構造 5D8V を例にします。

2. モデルと密度をダウンロードします。

   1. PDB フォーマットのモデル
   2. Validation 2fo-fc coefficients ファイル、解凍して cif フォーマットファイルを得る
   3. Validation fo-fc coefficients ファイル、解凍して cif フォーマットファイルを得る
   4. 3 つのファイルを得ます：
      1. 5d8v.pdb
      2. 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif
      3. 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif

3. フォーマットを変換します：

   1. CCP4 スイートの cif2mtz を使用します

      Copy

      cif2mtz hklin 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif hklout 2fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      
      cif2mtz hklin 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif hklout fo-fc.mtz << EOF
      EOF
      

   2. 独立した python パッケージ gemmi を使用します

      Copy

      pip3 install gemmi
      
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_2fo-fc_map_coef.cif 2fo-fc.mtz
      gemmi cif2mtz 5d8v_validation_fo-fc_map_coef.cif fo-fc.mtz
      

4. COOT に PDB モデルと 2fo-fc.mtz および fo-fc.mtz をロードすれば完了です。

Reference#

1. X-ray Electron Density Maps

この記事は Mix Space によって xLog に同期更新されました。原始リンクは https://xxu.do/posts/structure/Retrieve-structure-from-PDB-and-view-density