从源代码安装Clustal Omega

2024年3月7日137

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AI 生成的摘要

该过程基于M1 Mac。下载源代码并提取： wget http://www.clustal.org/omega/clustal-omega-1.2.4.tar.gz && tar -xzvf clustal-omega-1.2.4.tar.gz && cd clustal-omega-1.2.4 使用Homebrew安装argtable：如果尚未安装Homebrew，则需要先安装Homebrew。 /bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)" brew install argtable 编译和安装： ./configure CFLAGS='-I/opt/homebrew/Cellar/argtable/2.13/include' LDFLAGS='-L/opt/homebrew/Cellar/argtable/2.13/lib' make make install 检查安装情况： which clustalo 然后可以使用以下命令： cd /path/to/your/sequence clustalo -i sequence.fasta -o output.fasta --seqtype=protein

这个步骤是基于 M1 Mac 的。

下载源代码并解压：

wget http://www.clustal.org/omega/clustal-omega-1.2.4.tar.gz && tar -xzvf clustal-omega-1.2.4.tar.gz && cd clustal-omega-1.2.4

使用 Homebrew 安装 argtable：

# 如果你还没有安装 Homebrew，请先安装它。
/bin/bash -c "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/HEAD/install.sh)"

brew install argtable

编译和安装：

./configure CFLAGS='-I/opt/homebrew/Cellar/argtable/2.13/include' LDFLAGS='-L/opt/homebrew/Cellar/argtable/2.13/lib'
make
make install

检查安装情况：
```
which clustalo
```

然后你可以使用以下命令：

cd /path/to/your/sequence
clustalo -i sequence.fasta -o output.fasta --seqtype=protein

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原始链接为 https://xxu.do/posts/academic/Install-Clustal-Omega-from-source-code