Jayden

== 這個筆記是基於 Linux Mint 21.3==，如果你正在運行 Ubuntu 也應該有用。

XDS 相關軟體#

參考：https://wiki.uni-konstanz.de/xds/index.php/Installation

1. XDS 套件：

wget https://xds.mr.mpg.de/XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz --no-check-certificate
# 由於某些原因，wget 無法驗證伺服器的 SSL 證書，添加 --no-check-certificate 參數以忽略它

tar -xzvf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz
mv XDS-INTEL64_Linux_x86_64 /usr/local/bin/
ln -sf /usr/local/bin/XDS-INTEL64_Linux_x86_64/* /usr/local/bin/

2. 其他程式：XDS-Viewer、XDSSTAT、XDSCC12、XDSGUI、XSCALE_ISOCLUSTER、spot2pdb、generate_XDS.INP

mkdir -p $HOME/xds-dep && cd $_
wget -N https://wiki.uni-konstanz.de/pub/linux_bin/get_folder.sh
chmod +x get_folder.sh
sudo ./get_folder.sh
rm -rf $HOME/xds-dep

#作為 root，程式將安裝到 /usr/local/bin/linux_bin，並鏈接到 /usr/local/bin。
#作為普通用戶，程式將安裝到 HOME/bin/linux_bin，並鏈接到你的 $HOME/bin。

sudo apt install -y libxcb-xinerama0 xxdiff libqt5gui5 libqt5printsupport5 libqt5opengl5

3. 選項：檢查安裝（你可能會遇到圖形套件錯誤）：

ldd `which xdsgui` | grep found
# 該命令應顯示你未找到的庫。
# 然後你可以使用命令安裝這些庫：

sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install -y <PackageName>

4. 讀取 hdf5 文件的 XDS 插件：

sudo apt update
sudo apt install -y build-essential libssl-dev libreadline-dev zlib1g-dev cmake git libgtk-3-dev qt5-default
git clone https://github.com/dectris/neggia && cd neggia
mkdir build && cd $_
cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
cmake --build .
sudo cp src/dectris/neggia/plugin/dectris-neggia.so /usr/local/bin/linux_bin
echo export NEGGIA_PATH=/usr/local/bin/linux_bin/dectris-neggia.so >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

CCP4#

參考：https://www.ccp4.ac.uk/download/installation.html

1. 在 這個網站 下載包管理器，然後：

cd /path/to/download/folder
tar -xvzf linux-x86_64_ccp4-8.0-setup.tar.gz
./ccp4-8.0-setup

2. 按照安裝管理器頁面中的說明操作，並記得在第二頁檢查 “修改命令行環境”。

Phenix#

參考：https://phenix-online.org/documentation/install-setup-run.html

1. 在 這個網站 請求許可證。

2. 在 這個網站 下載軟體。

3. 安裝

   Copy

   tar xvf phenix-installer-<version>-<platform>.tar
   cd phenix-installer-<version>
   
   # 將在 <directory>/phenix-<version> 中創建並安裝
   ./install --prefix=<directory>  
   echo . /usr/local/phenix-<version>/phenix_env.sh >> $HOME/.bashrc
   source $HOME/.bashrc
   

4. 然後你可以使用 phenix & 運行 phenix。

autoPROC#

參考：https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/Ubuntu1804_64bit/index.html

1. 在 這個網站 請求許可證，將會發送用於下載的用戶名和密碼以及一個 .licence 文件到你的電子郵件。

2. 安裝 CCP4 和 XDS，並按照上述設置環境。

3. 前置要求：

   Copy

   sudo apt-get install imagemagick
   

4. 下載

   Copy

   mkdir -p $HOME/GPhL/autoPROC_snapshot_20240123 && cd$_
   wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh
   wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123.linux64.tar
   # 將 .license 文件放入此目錄
   # 此目錄中應有三個文件：.tar、.sh、.licence
   

5. 安裝

   Copy

   chmod +x GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh
   ./GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh
   
   cd $HOME/GPhL
   rm -f autoPROC_latest
   ln -s autoPROC_snapshot_20240123 autoPROC_latest
   echo source $HOME/GPhL/autoPROC_latest/setup.sh >> $HOME/.bashrc
   source $HOME/.bashrc
   

autoPX2#

1. 你需要進入 QQ 群以獲取更多信息，我提供一個下載副本以方便：

   Copy

   cd $HOME
   wget https://pan.xxu.do/d/guest/local/autoPX2-beta3-Linux.tar.gz
   tar -xzvf autoPX2-beta3-Linux.tar.gz && cd $HOME/autoPX2-beta3-Linux
   echo export PATH=$HOME/autoPX2-beta3-Linux:$PATH >> $HOME/.bashrc
   source $HOME/.bashrc
   # 你可以選擇啟動程序的命令名稱，這裡是 autopx
   ln -s autoPXgui.sh autopx
   

2. 然後你可以使用命令 autopx 使用 autoPX2。

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原始鏈接為 https://xxu.do/posts/structure/Deploy-X-Ray-Data-Process-Software-on-Linux