在Linux上部署X-Ray数据处理软件

== 此笔记基于 Linux Mint 21.3==，如果您使用 Ubuntu 也应该有用。

XDS 相关软件#

参考：https://wiki.uni-konstanz.de/xds/index.php/Installation

XDS 包：

wget https://xds.mr.mpg.de/XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz --no-check-certificate
# 出于某种原因，wget 无法验证服务器的 SSL 证书，添加 --no-check-certificate 参数以忽略它

tar -xzvf XDS-INTEL64_Linux_x86_64.tar.gz
mv XDS-INTEL64_Linux_x86_64 /usr/local/bin/
ln -sf /usr/local/bin/XDS-INTEL64_Linux_x86_64/* /usr/local/bin/

其他程序：XDS-Viewer，XDSSTAT，XDSCC12，XDSGUI，XSCALE_ISOCLUSTER，spot2pdb，generate_XDS.INP

mkdir -p $HOME/xds-dep && cd $_
wget -N https://wiki.uni-konstanz.de/pub/linux_bin/get_folder.sh
chmod +x get_folder.sh
sudo ./get_folder.sh
rm -rf $HOME/xds-dep

#作为 root，程序将安装到 /usr/local/bin/linux_bin，并链接到 /usr/local/bin。
#作为普通用户，程序将安装到 HOME/bin/linux_bin，并链接到您的 $HOME/bin。

sudo apt install -y libxcb-xinerama0 xxdiff libqt5gui5 libqt5printsupport5 libqt5opengl5

选项：检查安装（您可能会遇到图形包错误）：

ldd `which xdsgui` | grep found
# 该命令应显示未找到的库。
# 然后您可以使用以下命令安装库：

sudo apt update
sudo apt upgrade
sudo apt install -y <PackageName>

读取 hdf5 文件的 XDS 插件：

sudo apt update
sudo apt install -y build-essential libssl-dev libreadline-dev zlib1g-dev cmake git libgtk-3-dev qt5-default
git clone https://github.com/dectris/neggia && cd neggia
mkdir build && cd $_
cmake .. -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release
cmake --build .
sudo cp src/dectris/neggia/plugin/dectris-neggia.so /usr/local/bin/linux_bin
echo export NEGGIA_PATH=/usr/local/bin/linux_bin/dectris-neggia.so >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

CCP4#

参考：https://www.ccp4.ac.uk/download/installation.html

在此网站下载包管理器，然后：

cd /path/to/download/folder
tar -xvzf linux-x86_64_ccp4-8.0-setup.tar.gz
./ccp4-8.0-setup

按照设置管理器页面中的说明操作，并记得在第二页中勾选 “修改命令行环境”。

Phenix#

参考：https://phenix-online.org/documentation/install-setup-run.html

在此网站请求许可证。
在此网站下载软件。

安装

tar xvf phenix-installer-<version>-<platform>.tar
cd phenix-installer-<version>

# 将在 <directory> 中创建 <directory>/phenix-<version> 并安装到那里
./install --prefix=<directory>  
echo . /usr/local/phenix-<version>/phenix_env.sh >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

然后您可以使用 phenix & 运行 phenix。

autoPROC#

参考：https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/Ubuntu1804_64bit/index.html

在此网站请求许可证，下载所用的用户名和密码以及 .licence 文件将发送到您的电子邮件。
安装 CCP4 和 XDS，并按照上述设置环境。
先决条件：
```
sudo apt-get install imagemagick
```

下载

mkdir -p $HOME/GPhL/autoPROC_snapshot_20240123 && cd$_
wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh
wget --http-user=user --http-password=password https://www.globalphasing.com/autoproc/download/academic/snapshot/GPhL_autoPROC_snapshot_20240123.linux64.tar
# 将 .license 文件放入此目录
# 此目录中应有三个文件：.tar、.sh、.licence

安装

chmod +x GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh
./GPhL_autoPROC_snapshot_20240123_install.sh

cd $HOME/GPhL
rm -f autoPROC_latest
ln -s autoPROC_snapshot_20240123 autoPROC_latest
echo source $HOME/GPhL/autoPROC_latest/setup.sh >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc

autoPX2#

您需要加入 QQ 群以获取更多信息，我提供了一个下载副本以方便使用：

cd $HOME
wget https://pan.xxu.do/d/guest/local/autoPX2-beta3-Linux.tar.gz
tar -xzvf autoPX2-beta3-Linux.tar.gz && cd $HOME/autoPX2-beta3-Linux
echo export PATH=$HOME/autoPX2-beta3-Linux:$PATH >> $HOME/.bashrc
source $HOME/.bashrc
# 您可以选择启动程序的命令名称，这里是 autopx
ln -s autoPXgui.sh autopx

然后您可以使用命令 autopx 使用 autoPX2。

此文由 Mix Space 同步更新至 xLog
原始链接为 https://xxu.do/posts/structure/Deploy-X-Ray-Data-Process-Software-on-Linux