UbuntuでSPAソフトウェアをデプロイする

NVIDIA ドライバーと CUDA のインストール#

インストール済みの場合は、この部分をスキップできます

既存のバージョンを削除する：https://docs.nvidia.com/cuda/cuda-installation-guide-linux/index.html
NVIDIA ドライバーをインストールする：https://docs.nvidia.com/datacenter/tesla/tesla-installation-notes/index.html
CUDA Toolkit をインストールする：https://developer.nvidia.com/cuda-12-1-0-download-archive

スタンドアロン CryoSPARC#

学術ライセンスをリクエストする：https://cryosparc.com/download、その後、メールでライセンス ID を受け取ります。
ライセンス ID を環境変数としてエクスポートする：

export LICENSE_ID="<license_id>"

curl でダウンロードする

mkdir cryosparc && cd cryosparc
curl -L https://get.cryosparc.com/download/master-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_master.tar.gz
curl -L https://get.cryosparc.com/download/worker-latest/$LICENSE_ID -o cryosparc_worker.tar.gz

解凍する

tar -xf cryosparc_master.tar.gz cryosparc_master
tar -xf cryosparc_worker.tar.gz cryosparc_worker

キャッシュとデータベースのためのディレクトリを作成する

mkdir cryosparc_database cryosparc_worker/cryosparc_cache

インストールする

cd cryosparc_master

./install.sh    --standalone \
                --license $LICENSE_ID \
                --worker_path $HOME/cryosparc/cryosparc_worker \
                --ssdpath $HOME/cryosparc/cryosparc_worker/cryosparc_cache \
                --initial_email yourEmail \
                --initial_username "username" \
                --initial_firstname "firstname" \
                --initial_lastname "lastname" \
                --port 40000 \
                --initial_password yourPassword

環境変数を追加する

echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_master/bin" >> ~/.bashrc
echo "export PATH=$PATH:$HOME/cryosparc/cryosparc_worker/bin" >> ~/.bashrc

RELION#

依存関係をインストールする

sudo apt install cmake git build-essential mpi-default-bin mpi-default-dev libfftw3-dev libtiff-dev libpng-dev ghostscript libxft-dev

RELION をダウンロードする

git clone https://github.com/3dem/relion.git
git checkout ver4.0
git pull

コンパイルする

mkdir relion/build && cd build
cmake .. && make -j

環境変数を追加する

echo "export PATH=$HOME/relion/build/bin:$PATH" >> ~/.bashrc

MotionCor2 をインストールする

mkdir $HOME/MotionCor2 && cd $HOME/MotionCor2
wget https://drive.google.com/uc\?export\=download\&id\=1hskY_AbXVgrl_BUIjWokDNLZK0c1FLxF -O MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
unzip MotionCor2_1.6.4_Mar31_2023.zip
chmod +x MotionCor2_1.6.4_Cuda121_Mar312023

EMAN2#

Miniconda をインストールする：

mkdir -p ~/miniconda3
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda3/miniconda.sh
bash ~/miniconda3/miniconda.sh -b -u -p ~/miniconda3
rm -rf ~/miniconda3/miniconda.sh
~/miniconda3/bin/conda init bash

# もしくはzshellを使用している場合
~/miniconda3/bin/conda init zsh

インストールする

conda update --all
conda install mamba -c conda-forge

conda のベース環境が起動時に自動的にアクティブにならないようにする場合は、次のコマンドを実行します：
```
conda config --set auto_activate_base false
```

IMOD#

https://bio3d.colorado.edu/imod/

ダウンロードして実行権限を設定する：

wget https://bio3d.colorado.edu/imod/AMD64-RHEL5/imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh --no-check-certificate
sudo chmod +x imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh

/usr/localにインストールし、IMOD-linux.shが/ect/profile.dに追加されます。
```
sudo ./imod_4.11.25_RHEL7-64_CUDA10.1.sh
```