Jayden

介绍#

您可以使用向导->测量->环之间的距离演示 π-π 相互作用，这很容易做到，无需隐藏伪原子。

然而，当演示 π- 阳离子相互作用时，环之间的距离无法实现目标，因为该工具仅用于测量两个环之间的距离。但是您可以使用伪原子来完成。

详细步骤#

预处理#

1. 用灰色着色模型，然后按元素着色以清晰地查看。
2. 选择配体并将对象重命名为 'ligand'，然后用洋红色（或您喜欢的颜色）着色。
3. 选择交互残基：选择配体，操作->周围->具有残基的...，将对象重命名为 'active'，然后通过显示->侧链->棍棒显示残基。
4. 使用隐藏->价键隐藏价键，使用去除氢去除氢。
5. 查找极性接触：选择配体，操作->查找->极性接触->排除溶剂

演示 π- 阳离子相互作用#

1. 创建伪原子

   1. 将选择模式切换为 ' 原子 '，逐个点击需要生成中心原子的环的原子，所选对象为sele
   2. 在命令行中运行pseudoatom $NameOftheCenter, sele。

2. 测量距离：向导->测量

3. 隐藏伪原子：隐藏->全部

讨论#

1. π- 阳离子相互作用距离应小于 6.6 埃，π-π 相互作用通常用绿色表示。
2. π-π 相互作用距离应小于 7 埃【2】，π-π 相互作用通常用蓝色表示。

参考资料：#

1. https://www.bilibili.com/video/BV1ZK4y1j7AW/
2. Shao, Jinfeng. / Evaluation of π-π interactions in proteins using Trp analogs : From protein labeling to quantitating the energies involved. [Groningen] : University of Groningen, 2016. 127 p.

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原始链接为 https://xxu.do/posts/Academic/Demonstrate-pi-pi-and-pi-cation-interaction-with-pseudoatom