簡介#
您可以使用 wizard->measurement->Distances to Rings 來演示 pi-pi 作用，這很容易做到，並且不需要隱藏偽原子。
然而，當演示 pi-cation 作用時，Distances to Rings 無法達到目標，因為此工具僅用於測量兩個環之間的距離。但您可以使用偽原子來完成。
詳細步驟#
預處理#
- 將模型顏色設置為灰色，然後按元素進行顏色設置以便清楚地看到。
- 選擇配體並將對象重命名為「ligand」，然後使用品紅色（或您喜歡的顏色）對其進行著色。
- 選擇交互殘基：選擇配體，
actions->around->residues with...，將對象重命名為「active」，然後通過show->side chain->sticks顯示殘基的棍狀結構。 - 使用
hide->valence隱藏價電子，使用remove hydrogen刪除氫原子。 - 尋找極性接觸：選擇配體，
action->find->polar contacts->to others excluding solvent
演示 pi-cation 作用#
-
創建偽原子
- 將選擇模式切換為「Atoms」，逐個點擊需要生成中心原子的環的原子，所選對象為
sele - 在命令行中運行
pseudoatom $NameOftheCenter, sele。
- 將選擇模式切換為「Atoms」，逐個點擊需要生成中心原子的環的原子，所選對象為
-
測量距離：
wizard->measurement -
隱藏偽原子：
hide->everything
討論#
- Pi-cation 作用距離應小於 6.6 埃，pi-pi 作用通常用綠色表示。
- Pi-pi 作用距離應小於 7 埃【2】，pi-pi 作用通常用藍色表示。
參考資料：#
- https://www.bilibili.com/video/BV1ZK4y1j7AW/
- Shao, Jinfeng. / Evaluation of π-π interactions in proteins using Trp analogs : From protein labeling to quantitating the energies involved. [Groningen] : University of Groningen, 2016. 127 p.
此文由 Mix Space 同步更新至 xLog
原始链接为 https://xxu.do/posts/academic/Demonstrate-pi-pi-and-pi-cation-interaction-with-pseudoatom-in-pymol