Jayden

イントロ#

wizard->measurement->Distances to Rings を使用して、pi-pi 相互作用をデモンストレーションすることができます。これは簡単に行うことができ、擬似原子を隠す必要はありません。

しかし、pi-cation 相互作用をデモンストレーションする場合、Distances to Rings では目標を達成することができません。このツールは 2 つのリング間の距離を測定するためにのみ使用されます。しかし、擬似原子を使用することで実行することができます。

詳細な手順#

前処理#

1. モデルをグレーで着色し、要素ごとに着色して見やすくします。
2. リガンドを選択し、オブジェクト名を「ligand」に変更し、マゼンタ色（または好きな色）で着色します。
3. インタラクティブな残基を選択します：リガンドを選択し、actions->around->residues with... を実行し、オブジェクト名を「active」に変更し、show->side chain->sticks でスティックで残基を表示します。
4. hide->valence で価電子を非表示にし、remove hydrogen で水素を除去します。
5. 極性接触を検索します：リガンドを選択し、action->find->polar contacts->to others excluding solvent を実行します。

pi-cation 相互作用のデモンストレーション#

1. 擬似原子の作成

   1. 選択モードを「Atoms」に切り替え、リングの原子を 1 つずつクリックして、中心の原子を生成する必要があるリングの原子を選択します。選択されたオブジェクトは sele です。
   2. コマンドラインで pseudoatom $NameOftheCenter, sele を実行します。

2. 距離の測定：wizard->measurement を実行します。

3. 擬似原子を非表示にする：hide->everything を実行します。

議論#

1. Pi-cation 相互作用の距離は 6.6 オングストローム未満である必要があり、pi-pi 相互作用は一般的に緑で表されます。
2. Pi-pi 相互作用の距離は 7 オングストローム未満である必要があり【2】、pi-pi 相互作用は一般的に青で表されます。

参考文献:#

1. https://www.bilibili.com/video/BV1ZK4y1j7AW/
2. Shao, Jinfeng. / Evaluation of π-π interactions in proteins using Trp analogs : From protein labeling to quantitating the energies involved. [Groningen] : University of Groningen, 2016. 127 p.

この記事は Mix Space からの同期更新であり、xLog に掲載されています。
元のリンクは https://xxu.do/posts/academic/Demonstrate-pi-pi-and-pi-cation-interaction-with-pseudoatom-in-pymol です。