顯示極性相互作用#
- 在模型中選擇配體並將物件重新命名為「ligand」。
- 選擇配體，
操作->周圍->5埃內的殘基，將所選物件重新命名為「active」，並以棒狀顯示殘基。 - 尋找極性相互作用：
操作->尋找->與物件中其他原子的極性接觸。 - 一些虛線可能連接到空白處，這可能是由於隱藏的水分子。使用
select $LigandWater, (($ligand)around 3.2) and(resn HOH)顯示 3.2 埃內的水分子（氫鍵小於 3.2 埃），然後生成一個名為「$LigandWater」的物件。
匯出#
- 點擊滑鼠的中間按鈕將原子設置為中心，旋轉到適當的角度以顯示相互作用。
- 將背景顯示為白色：
顯示->背景->白色。 - 點擊「繪製 / 光線追蹤」，設置為 300 DPI，點擊「光線追蹤」。
- 如果需要，移除陰影：
設定->渲染->陰影->無
參考資料#
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原始連結為 https://xxu.do/posts/academic/Demonstate-polar-interaction-between-protein-and-ligand-in-pymol