显示极性相互作用#
- 在模型中选择配体并将对象重命名为 'ligand'。
- 选择配体，
操作->周围->5埃之内的残基，将所选对象重命名为 'active'，将残基显示为棍棒状。 - 查找极性相互作用：
操作->查找->与对象中的其他原子的极性接触。 - 一些虚线可能连接到空白处，这可能是由隐藏的水分子引起的。使用
select $LigandWater, (($ligand)around 3.2) and(resn HOH)显示 3.2 埃范围内的水分子（氢键小于 3.2 埃），然后生成一个名为 '$LigandWater' 的对象。
导出#
- 单击鼠标的中间按钮将原子设置为中心，旋转到适当的角度以显示相互作用。
- 使用白色显示背景：
显示->背景->白色。 - 单击绘制 / 光线，设置为 300 DPI，点击光线。
- 如果需要，去除阴影：
设置->渲染->阴影->无
参考资料#
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原始链接为 https://xxu.do/posts/academic/Demonstate-polar-interaction-between-protein-and-ligand-in-pymol