ポーラー相互作用の表示#
- モデル内のリガンドを選択し、オブジェクト名を「ligand」に変更します。
- リガンドを選択し、
アクション->周囲->5オングストローム以内の残基を選択し、選択したオブジェクト名を「active」に変更し、残基をスティック表示にします。 - ポーラー相互作用を検索します:
アクション->検索->ポーラー接触->他の原子との接触。 - 破線が空白部分に接続されている場合、これは非表示の水によるものかもしれません。
select $LigandWater, (($ligand)around 3.2) and(resn HOH)で 3.2 オングストローム以内の水を表示し（水素結合は 3.2 オングストローム未満）、$LigandWaterというオブジェクトが生成されます。
エクスポート#
- アトム上でマウスの中ボタンをクリックして中心に設定し、適切な角度で相互作用を表示します。
- 背景を白色に表示します:
表示->背景->白色。 - Draw/Ray をクリックし、300 DPI に設定し、ray をクリックします。
- シャドウを削除する場合は:
設定->レンダリング->シャドウ->なし
参考#
この記事は Mix Space から xLog に同期されました。
元のリンクは https://xxu.do/posts/academic/Demonstate-polar-interaction-between-protein-and-ligand-in-pymol です。