ConSurfによるシーケンス保存性に基づくカラープロテインモデル

**ConSurf | プロテインの進化的保存プロファイル** は、プロテインの配列保存性を分析し、その結果によってモデルに色を付けるものであり、研究対象のプロテインが構造上は保存されているが、配列上では異なる場合に役立つかもしれません。

保存性の解析#

必要なのはプロテインモデルだけで、もし持っていない場合は少なくとも配列が必要です。その配列から構造を予測することができます。

もし ** 複数の配列アライメント (MSA)** ファイルを持っている場合は、それをアップロードすることができ、その配列は保存性解析の結果生成に使用されます。

その後、モデルは結果に基づいて色付けされます。

カスタマイズカラー#

ConSurf ではモデルのカラーの選択肢はありませんが、Pymol を使用して行うことができます。

Pymol 用の結果をダウンロードします。
RAMPGEN.COMでカラーランプを生成し、JSON 形式をコピーしてスクリプト内のカラーを置き換えます：

:::grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}

:::

カラーランプをスクリプトに貼り付け、set_colors.pyとして保存します：

# ChatGPTの助けを借りてこのスクリプトを完成させました
color_data = [
       # カラーランプをここに貼り付けてください。
    ]

# カラーを定義し、対応するオブジェクトにカラーを設定します
for i, item in enumerate(color_data, start=1):
    hex_color = item['color']
    # HEXをRGBに変換
    r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16)
    rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0)
    
    # カラーを設定します
    color_name = f"color_{i}"
    pymol.cmd.set_color(color_name, rgb)
    
    # オブジェクトにカラーを適用します
    object_name = f"all_group_{i}"
    pymol.cmd.color(color_name, object_name)

# ビューが更新されるようにします
pymol.cmd.rebuild()

スクリプトは以下のようになります：

color_data = [
        {
             "values": 0,
             "color": "#F6936F"
        },
        {
             "value": 12.50,
             "color": "#F8AE93"
        },
        {
             "value": 25.00,
             "color": "#FAC9B7"
        },
        {
             "value": 37.50,
             "color": "#FCE4DB"
        },
        {
             "value": 50.00,
             "color": "#FFFFFF"
        },
        {
             "value": 62.50,
             "color": "#DDEBF1"
        },
        {
             "value": 75.00,
             "color": "#BCD7E4"
        },
        {
             "value": 87.50,
             "color": "#9BC3D6"
        },
        {
             "value": 100,
             "color": "#7AAFC9"
        }
    ]

# カラーを定義し、対応するオブジェクトにカラーを設定します
for i, item in enumerate(color_data, start=1):
    hex_color = item['color']
    # HEXをRGBに変換
    r, g, b = int(hex_color[1:3], 16), int(hex_color[3:5], 16), int(hex_color[5:], 16)
    rgb = (r/255.0, g/255.0, b/255.0)
    
    # カラーを設定します
    color_name = f"color_{i}"
    pymol.cmd.set_color(color_name, rgb)
    
    # オブジェクトにカラーを適用します
    object_name = f"all_group_{i}"
    pymol.cmd.color(color_name, object_name)

# ビューが更新されるようにします
pymol.cmd.rebuild()

Pymol で ConSurf の結果を読み込み、**' ファイル -> スクリプトを実行...'** からスクリプトを実行します。

:::grid {cols=2,rows=1,gap=12,type=images}

:::

この記事は Mix Space からの同期更新であり、xLog にも掲載されています。
元のリンクは https://xxu.do/posts/structure/Color-the-model-by-sequence-conservation-with-ConSurf です。