Jayden

はじめに#

巨大なクライオ EM マップのモデルを構築するのは面倒かもしれません、特にそれが非常に複雑な場合は。

しかし、今ではModelAngleoを使用して、データ漏洩を心配することなくローカルでクライオ EM マップのモデルを構築できます。

使用法#

1. ModelAngelo の計算要件を満たしていることを確認してください：主に8GB 以上のメモリを持つ GPU。

2. インストール

   1. Miniconda をインストールします: https://docs.anaconda.com/free/miniconda

   2. リポジトリをクローンし、スクリプトを実行します:

      Copy

      git clone https://github.com/3dem/model-angelo.git
      cd model-angelo && source install_script.sh
      

3. 処理:

   1. 開始前に、ターミナルでconda activate model_angeloを実行して環境をアクティブにする必要があります。

   2. FASTA 配列を使用してマップを構築する:

      Copy

      model_angelo build -v map.mrc -pf prot.fasta -df dna.fasta -rf rna.fasta -o output
      
      -v: マップ、mrc形式
      -pf: タンパク質配列
      -df: DNA配列
      -rf: RNA配列
      -o: 出力ディレクトリ
      

      [! 重要]

      FASTA ファイル内でダイマーの配列を繰り返す必要はありません。

   3. FASTA 配列なしでマップを構築する:

      Copy

      model_angelo build_no_seq -v map.mrc -o output
      

[! 注意]

結果が接続されていない鎖でひどく見える場合、マップが間違った手にある可能性があります。マップを反転させて再実行してください。

参考文献#

1. 記事: https://www.nature.com/articles/s41586-024-07215-4
2. コード: https://github.com/3dem/model-angelo

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元のリンクは https://xxu.do/posts/structure/Build-Models-for-cryo-EM-Maps-with-ModelAngelo