Jayden

from pymol import cmd, stored

def interfaceResidues(cmpx, cA='c. A', cB='c. B', cutoff=1.0, selName="interface"):
	"""
	interfaceResidues -- 找到複合體中兩條鏈之間的 'interface' 殘基。
	
	參數
		cmpx
			包含 cA 和 cB 的複合體
		
		cA
			我們在其中搜索與 cB 接觸的殘基的第一條鏈
		
		cB
			我們在其中搜索與 cA 接觸的殘基的第二條鏈
		
		cutoff
			考慮為 interface 殘基的面積差異。從複合體到
			單一鏈的 dASA 大於此 cutoff 的殘基將被保留。零
			將保留所有殘基。
			
		selName
			要返回的選擇名稱。
			
	返回
		* 創建並命名一個 interface 殘基的選擇，具體取決於你傳遞給 selName 的內容
		* 返回一個值的數組，其中每個值為：
			( modelName, residueNumber, dASA )
			
	注意
		如果你有兩條鏈不是來自同一個 PDB 而你想要
		將它們複合在一起，使用 create 命令，如：
			create myComplex, pdb1WithChainA or pdb2withChainX
		然後將 myComplex 傳遞給此腳本，如：
			interfaceResidues myComlpex, c. A, c. X
			
		此腳本計算整個複合體的面積。然後，
		它分離你通過參數 cA 和 cB 傳遞的兩條鏈。
		一旦有了這個，它計算差異
		並且任何高於 cutoff 的殘基被稱為 interface 殘基。
			
	作者：
		Jason Vertrees, 2009.		
	"""
	# 保存用戶的設置，在設置 dot_solvent 之前
	oldDS = cmd.get("dot_solvent")
	cmd.set("dot_solvent", 1)
	
	# 為臨時對象/選擇設置一些字符串名稱
	tempC, selName1 = "tempComplex", selName+"1"
	chA, chB = "chA", "chB"
	
	# 在新對象上操作並關閉原始對象
	cmd.create(tempC, cmpx)
	cmd.disable(cmpx)
	
	# 移除雜物和不相關的鏈
	cmd.remove(tempC + " and not (polymer and (%s or %s))" % (cA, cB))
	
	# 獲取完整複合體的面積
	cmd.get_area(tempC, load_b=1)
	# 將面積從加載的 b 複製到 q 字段。
	cmd.alter(tempC, 'q=b')
	
	# 提取兩條鏈並計算新的面積
	# 注意：q 字段被複製到新的對象
	# chA 和 chB
	cmd.extract(chA, tempC + " and (" + cA + ")")
	cmd.extract(chB, tempC + " and (" + cB + ")")
	cmd.get_area(chA, load_b=1)
	cmd.get_area(chB, load_b=1)
	
	# 用差異更新僅鏈對象
	cmd.alter( "%s or %s" % (chA,chB), "b=b-q" )
	
	# 計算完成。現在，我們需要
	# 確定哪些殘基超過了 cutoff
	# 並保存它們。
	stored.r, rVal, seen = [], [], []
	cmd.iterate('%s or %s' % (chA, chB), 'stored.r.append((model,resi,b))')

	cmd.enable(cmpx)
	cmd.select(selName1, 'none')
	for (model,resi,diff) in stored.r:
		key=resi+"-"+model
		if abs(diff)>=float(cutoff):
			if key in seen: continue
			else: seen.append(key)
			rVal.append( (model,resi,diff) )
			# 在這裡擴展選擇；我選擇迭代 stored.r 而不是
			# 創建一個大型選擇，因為如果殘基太多，PyMOL
			# 可能會在非常大的選擇上崩潰。這幾乎可以保證
			# 不會殺死 PyMOL；但，可能需要更長的時間來運行。
			cmd.select( selName1, selName1 + " or (%s and i. %s)" % (model,resi))

	# 這是如何將選擇轉移到另一個對象。
	cmd.select(selName, cmpx + " in " + selName1)
	# 清理我們自己
	cmd.delete(selName1)
	cmd.delete(chA)
	cmd.delete(chB)
	cmd.delete(tempC)
	# 顯示選擇
	cmd.enable(selName)
	
	# 重置用戶設置
	cmd.set("dot_solvent", oldDS)
	
	return rVal

cmd.extend("interfaceResidues", interfaceResidues)